В суде почти ничего не говорилось о мотиве преступления. Обвинение утверждает, что убийство Бориса Немцова просто было совершено по найму, но не приводит практически никаких доказательств даже этому. По сути дела, о деньгах говорится только в первых, данных еще во время следствия признательных показаниях Заура Дадаева, где он говорит, что некто Русик обещал им по пять миллионов рублей за убийство политика.

Версия о том, что Немцова могли убить из-за его высказываний в поддержку карикатуристов из журнала Charlie Hebdo, вовсе не рассматривалась судом — в итоговое обвинение этот мотив не вошел. Сторонам запретили говорить присяжным о том, что изначально подсудимые называли именно эту версию мотивом убийства Немцова (якобы они были возмущены тем, что Немцов защищал тех, кто рисует карикатуры на пророка Мухаммеда). Это, впрочем, не помешало прокурору Марии Семененко показать присяжным одну из 46 вкладок в телефоне Темирлана Эскерханова, где было открыто голосование на сайте «Эха Москвы» с вопросом: «Следует ли изданиям печатать карикатуры на пророка Мухаммеда в ответ на расстрел редакции Charlie Hebdo?»

Разные свидетели указывали: обвиняемые тесно контактировали с заместителем командира чеченского батальона «Север» Русланом Геремеевым. Его называли главным человеком в компании, к которой принадлежали Дадаев, Мухудинов и Темирлан Эскерханов. Как выяснилось в суде, именно Руслан Геремеев снимал квартиру в доме № 3 на улице Веерная, где жил Дадаев, а позже купил за 19 миллионов рублей квартиру в доме № 46 на той же улице (квартиру оформили на его племянника Артура Геремеева). Заур Дадаев и Руслан Геремеев вместе улетели в Чечню 1 марта, через день после убийства политика.

При обыске на Веерной, 46, нашли карточку от гостиничного номера в «Президент-отеле» члена Совета Федерации от Чечни Султана Геремеева. (Султан Геремеев — старший родственник Руслана Геремеева; в эту же влиятельную семью входит депутат Госдумы Адам Делимханов.) По словам Дадаева, Руслан Геремеев «в неделю два-три раза» ездил в «Президент-отель», при этом Дадаев часто его сопровождал.

Адвокат семьи Немцова Вадим Прохоров называл Руслана Геремеева «настоящим организатором» убийства Бориса Немцова. В суд Геремеева вызывали, но он не явился. Не был он допрошен и во время следствия — зато следователь рассказал в суде, что ездил в Чечню к дому Руслана Геремеева, но ему «никто не открыл».

На одном из последних заседаний свидетелем выступил главный редактор «Эха Москвы» Алексей Венедиктов, видевший Немцова за несколько часов до его убийства. Немцов, со слов Венедиктова, говорил, что угрозы в его адрес участились. «Он говорил — именно не чеченцы, а кадыровцы», — дал показания Венедиктов (впрочем, допрос по требованию судьи проходил не в присутствии присяжных — и эти показания никак не повлияют на вердикт).

Из высокопоставленных жителей Чечни в суд пришел только Алибек Делимханов — брат Адама Делимханова и бывший командир батальона «Север», под началом которого служил Заур Дадаев. Делимханов отказался отвечать на большинство вопросов, сославшись на плохую память, — впрочем, он все же вспомнил, что именно его подчиненные задерживали в Грозном одного из соучастников убийства Немцова Беслана Шаванова — при попытке задержания он, по официальной версии, подорвался на гранате.

Братья Губашевы и Заур Дадаев постоянно говорили присяжным, что их пытали — и что именно поэтому сразу после задержания в марте 2015 года они давали признательные показания и рассказали о своей роли в преступлении (от этих показаний они отказались еще до суда). Текст показаний им якобы надиктовал следователь. «Запись три-четыре раза переснималась», — говорил по поводу видео своего допроса Дадаев. По его словам, переснимать пришлось из-за моментов, которые он не мог запомнить.

«Похожим на Дадаева» назвал убийцу Немцова свидетель Евгений Молодых, который в день убийства шел по Большому Москворецкому мосту вслед за политиком и его спутницей Анной Дурицкой. По словам Молодых, он шел в наушниках, уткнувшись в телефон, поэтому выстрелов не слышал — но в какой-то момент посмотрел вперед и метрах в ста перед собой увидел лежащего на земле мужчину и бегущего прочь киллера. При этом на следствии Молодых говорил, что видел мужчину издалека и со спины, а в суде неожиданно вспомнил, что смог разглядеть даже его «щетину» и прическу.

Роли Темирлана Эскерханова и Хамзата Бахаева в преступной группе так и не прояснились — якобы они помогали через интернет искать информацию о Немцове и подвозили участников банды. Но эти обвинения не конкретизированы, а продемонстрированные в суде доказательства очень косвенные. Эскерханов, очевидно, был в тесной связи с Русланом Геремеевым и его окружением — из материалов дела известно, что они постоянно созванивались, вместе ходили по ресторанам. Хамзат Бахаев к концу процесса производил впечатление случайного человека, который попал в дело только потому, что снимал в Подмосковье один дом вместе с братьями Губашевыми.

В автомобиле ZAZ Chance, на котором киллеры следили за Немцовым (после покушения его бросили в Трубниковском переулке), нашли молекулярно-генетические следы Заура Дадаева, Беслана Шаванова, Анзора и Шадида Губашевых. Следов Бахаева и Эскерханова в ней нет.

Новых видеозаписей момента убийства в суде не появилось. ФСО не предоставила записи с Красной площади и из района Большого Москворецкого моста (по словам адвоката семьи Немцова Ольги Михайловой, отказ ничем не был обоснован). В суде несколько раз заявлялись ходатайства об истребовании новых видео, но судья их не удовлетворил. В итоге убийца Немцова запечатлен только на плохого качества записи со всепогодной камеры — это видео много раз показывали присяжным.

Свидетельница Зарина Исоева опознала Беслана Шаванова и Анзора Губашева на видео с камер на здании ГУМа, которые запечатлели, как перед убийством Немцова двое мужчин ходят вокруг и ищут его. Эта же свидетельница, работавшая домработницей и прибиравшаяся в квартирах на Веерной, узнала Шаванова и Губашева в людях, которые после убийства уходили из Трубниковского переулка, где нашли брошенный автомобиль ZAZ Chance.

Лица на этой видеозаписи идентифицировать невозможно — к таким выводам пришли эксперты Института криминалистики ФСБ. Впрочем, эксперты оговаривались, что людей на видео можно косвенно идентифицировать по другим признакам — например, по «кифозной осанке» [сильной сутулости] Шаванова.

Братьев Шадида, Анзора Губашевых и Темирлана Эскерханова судья удалил из зала суда за «злоупотребление своими правами» — они постоянно громко возмущались происходящим и переругивались с прокурорами. «Вы соблюдаете интересы путинизма-сталинизма!» — кричал судье Анзор Губашев, когда его уводили. Уже в финале процесса судья удалил из зала и Темирлана Эскерханова, указавшего, что судье кто-то «по шапке надавал». Теперь перед присяжными они появятся только для того, чтобы сказать последнее слово.

Одну из присяжных удалили из коллегии по анонимному доносу другого присяжного, который пожаловался, что коллега активно обсуждает дело и делится своим мнением об услышанном в суде. Перед этим из коллегии выбыли еще три человека. Одна присяжная отказалась дальше участвовать в суде по семейным обстоятельствам, другую судья удалил за то, что уже после начала процесса Немцова она была представителем в трудовом споре в суде. Взял самоотвод и старшина коллегии — он рассказал, что к нему в метро подходил якобы родственник Хамзата Бахаева и пытался заговорить с ним. В коллегии остались 17 из 22 заседателей (решение будут выносить 12 из них, остальные запасные).

Некоторые участники преступной группы вообще не появились ни в деле, ни в суде. Так, домработница Исоева, комментируя в ходе одного из заседаний видео, на котором через полтора часа после убийства группа мужчин заходит в подъезд на Веерной, 46, узнала там не только Дадаева, Губашева и Шаванова, но и некоего Джабраила — раньше она видела его в их компании. Адвокат Вадим Прохоров предполагает, что Джабраил может быть сотрудником ФСБ, которого следствие решило вывести из дела. В эту же компанию входил некто Асланбек Хатаев — его видели у гостиницы «Украина» вместе с Дадаевым и Русланом Геремеевым. Возможная роль этих людей в убийстве Бориса Немцова совершенно неясна.